Trong hồi kết hoành tráng của loạt phim Giải mã mê cung, Thomas dẫn dắt nhóm các Trảng viên vừa trốn thoát vượt qua sứ mệnh cuối cùng và nguy hiểm nhất. Để cứu bạn bè, họ phải xâm nhập vào Thành phố Cuối cùng huyền thoại do WCKD điều khiển, một mê cung chết chóc nhất họ từng gặp phải. Trảng viên nào sống sót rời khỏi đó sẽ có được câu trả lời cho những thắc mắc đã xuất hiện từ khi họ mới bước vào mê cung.