Ở cuối phần trước, Thiếu tá Kusanagi đã không còn làm việc cho đơn vi 501 nữa, và giờ đã được Aramaki tuyển vào Section 9. Và lại một lần nữa Kusanagi bị buộc tội và bị truy đuổi. Nhưng rắc rối không dừng lại ở đó. Mối đe dọa thực sự là một kẻ thù mới với kỹ năng hack tiên tiến đang gây nguy hiểm cho cả thành phố...