Năm 2027, thành phố New Port vẫn đang hồi phục từ hậu quả của chiến tranh. Một sĩ quan quân đội có dính đến việc ăn hối lộ và buôn bán vũ khí bất hợp pháp bị giết. Motoko đang bị theo dõi bởi cả người đứng đầu đơn vị mật 501, Kurutsu và những đặc vụ nửa người nửa máy, không những thế cô còn nghi ngờ mình bị ảo giác khi liên tục nhìn thấy con robot đã tấn công mình ở nhiều nơi, thậm chí ngay trong nhà mình...