Tiếp nối câu chuyện của phần 1, ĐIỆP VỤ ĐỐI ĐẦU 2 lấy bối cảnh một thời gian sau cuộc giải cứu thành công 5 nhân viên cảnh sát bị bắt cóc. Bất chấp những phản đối kịch liệt của giới chính trị, vụ giải cứu đã giúp Phó Cục trưởng Cục Cảnh sát Lưu Kiệt Huy (Quách Phú Thành thủ vai) được đề bạt lên vị trí người đứng đầu của Lực lượng cảnh sát Hồng Kông. Trong khi đó, Phó Cục trưởng Lý Văn Bân (Lương Gia Huy thủ vai) lại vướng phải vô số các rắc rối khi con trai của anh là Lý Văn Ảnh (Bành Vu Yến thủ vai) – kẻ tình nghi duy nhất của vụ án – đã bị bắt giam. Sự biến mất của chiếc xe cảnh sát được trang bị những công nghệ tối tân vẫn còn là một ẩn số.