Tiếp theo phần trước, Shishio Makoto đã lên thuyền tiến công Tokyo, đe dọa lật đổ chính phủ Minh Trị. Kenshin rơi xuống biển may mắn được sư phụ mình vớt lên, anh ở lại để học tuyệt chiêu cuối cùng của Phi Thiên Ngự Kiếm. Nhưng khi trở lại, chính phủ đã thỏa hiệp với Shishio, ra lệnh bắt và hành quyết Kenshin...