Những ngày tháng bình yên sống ở võ đường cùng Kaoru của Kenshin buộc phải chấm dứt khi Shishio Makoto - kẻ kế thừa danh hiệu Hitokiri Battousai của anh - đang tập hợp quân với mục tiêu là hỏa thiêu Kyoto, lật đổ chính quyền Duy Tân của Minh Trị. Kenshin lên đường tới Kyoto để tiêu diệt Shishio, nhưng một sát thủ hơn chục năm nay không giết người như Kenshin đã chẳng còn là con người như trước đây nữa, liệu anh có thể giành chiến thắng?