3 năm sau cuộc chiến ở Metropolis, Clark Kent giữ vai tṛ bảo vệ thế giới với tư cách Superman và làm phóng viên tại báo Daily Planet. Superman trở thành 1 cá nhân gây tranh căi, một số cáo buộc Sup v́ thảm họa gây ra bởi tướng Zod, một số lại tin Sup là 1 anh hung. Lois Lane th́ đang làm phóng vụ về cuộc nội chiến ở Khandag ở Trung Đông, c̣n Clarrk th́ bị buộc nhận viết các bài tào lao. Clark kết bạn bới Jim Olsen, 1 nhiếp ảnh gia bị mất 1 chân trong sự kiện Zod gây ra, nhưng không hề trách Superman, và xin nhận vào làm việc tại Daily Planet v́ họ bênh vực Superman. Cả 2 cùng nhau viết báo liên quan đến sự kiện trận đấu bóng bầu dục giữa Metropolis và Gotham, nhờ đó Clark gặp Victor Shone, 1 cầu thủ của đội Metropolis có cha là Dr Silas Stone, 1 kỹ sư robot làm việc tại S.T.A.R, là người đứng đầu trong 1 dự án công nghệ cơ thể cơ khí công nghệ cao có dính líu đến cái chân của Jim.
Bruce Wayne đang ở tại Metropolis khi Zod tấn công và tin rằng Superam là 1 mối đe dọa, nên t́m cách phát triển các đối sách để loại bỏ Superman nếu cần thiết. Bruce cũng tổ chức 1 chương tŕnh từ hiện để xây dựng 1 dự án nhà ở xă hội tại 1 khu vực bỏ không ở Gotham. Bruce đă làm Batman trong khoảng 15 năm, nhưng quá giỏi giấu ḿnh nên nhiều người nghĩ Batman chỉ là 1 chuyện phóng đại. Clark muốn viết bài về Bruce mặc dù sếp là Perry White không đồng t́nh v́ không thấy có triển vọng.
Lex Luthor tài trợ chương tŕnh tái thiết Metropolis và kư hợp đồng với chính phủ mỹ trong chương tŕnh phân tích ngược những tàn dư công nghệ của người Krypton. Luthor tin là Superman là một mối đe dọa và dàn dựng 1 chiến dịch chống lại Sup qua media, và tài trợ 1 dự án phát triển vũ khí chống lại Superman, trong đó có đá Kryptonite (Đá xanh) – được tạo ra qua tiếp xúc với năng lượng từ cỗ măy World Engine. Luthor cũng đă thu lượm xác và khai thác DNA của Zod, kết hợp với công nghệ dựa học từ Buồng Sáng Thế (genesis chamber) để tạo ra 1 vũ khí sinh học có thể đánh bại Superman.
Nghị sĩ Veronica Cale giám sát các thí nghiệm của Luthor, nhưng tin là vũ khí sinh học kia không nên được tiến hành v́ các rủi ro tiềm ẩn liên quan đến việc nhiều người vẫn coi Superman là 1 anh hùng, điều mà Luthor muốn phủ định.
Luthor cũng có 1 chương tŕnh bí mật liên quan đến meta-human mà chính phủ không hề biết, Lex đă bắt và thí nghiệm nhiều đối tượng tại Cadmus, 1 công ty con chuyên về nghiên cứu gene. 1 nhoms vũ trang dưới quyền Luthor, chỉ huy bởi Anatoly Kniazev đă mai phục và bắt Aquaman tại 1 giếng dầu mỏ thuộc LexCorp, đem về Cadmus để thí nghiệm. Các hoạt động của Luthor khiến Diana – công chú của Themyscria, hiện mang b́nh phong là 1 tỷ phú ở thế giới người trần – để ư. Diana kết nối Luthor với chuỗi sự kiện mất tích mà Diana đang điều tra và quyết định đi theo đầu mối đến Metropolis.
Clark t́m gặp Lois Lane ở Khandag dù Lois không cho phép. Trại của Lois bị phiến loạn tấn công và Superman buộc phải hành động để giúp Lois và những người lính, hậu quả sự kiện gây chấn động toàn cầu. Lois trở về Metropolis, c̣n Cale th́ lợi dụng sự kiện này để thuyết phục Quốc hội Mỹ rằng Superman là tiềm tang gây nên hậu quả chính trị nghiêm trọng nếu c̣n tiếp tục dung dưỡng Superman. Superman sau đó được tướng Swanwick – 1 người rất hâm mộ Sup – thông báo rằng Quốc hội yêu cầu gặp mặt ở Washington để thảo luận về chỗ đứng của Sup trong thế giới này. Các hậu quả của những ǵ Superman gây ra ở trung đông đều được Bruce, Diana và Luthor để ư sát sao.
Bruce phát hiện về nghiên cứu của Luthor về vũ khí chống lại Superman và lên đường tới Metropolis cùng Alfred dưới danh nghĩa gặp Luthor bàn luận hợp tác 1 dự án xă hội tại Gotham để điều tra. Bruce không hề tin tưởng Luthor cũng như không tin tưởng Superman.
Luthor đề xuất 1 dự án gây quỹ cho bảo tang Metropolis, nơi Zod đă bị giết. Clark, Lois và Jim viết bài về sự. Có Bruce, Alfred, Diana, Kniazev và thư kư của Luthor là Mercy Graves tham dự. Clark phỏng vấn Bruce về Batman, Batman khiêu vũ và tán tỉnh Diana, Diana th́ điều tra Kniazev. Bruce và Luthor trao đổi ngắn để Bruce t́m cách gắn bọ lên điện thoại của Luthor, qua đó thu thập password để đột nhập vào LexCorp Tower bằng 1 thiết bị hack để qua mặt hàng rào bảo mật.
Bruce ăn cắp dữ liệu về dự án của Luthor, nhưng thuật toán bảo mật đă kháng lại thiết bị hack và đặt báo động. Batman chạy thoát khỏi Kniazev, nhưng sau đó đối đầu Superman. Superman tin Batman là tội phạm. Bat từ chối đầu hàng, và sau 1 cuộc đối đầu ngắn th́ đă chạy thoát bằng batmobile. Sự xuất hiện của Batman ở Metropolis khiến Lois và Clark thuyết phục được Perry cho họ đến Gotham để điều tra them. Luthor sau đó xem lại cảnh Batman đấu với Superman qua vệ tinh chính phủ, và thu lại thiết bị hack mà Batman đă bỏ lại. Luthor nảy ra 1 mưu kế.
Superman đến hội nghị tại Washington. Nghị sĩ Cale buộc tội Sup là 1 mối đe dọa, Superman tự bào chữa và nói lên lư tưởng của ḿnh. Quốc hội yêu cầu Superman phải tuyên bố trung thành với nước mỹ, phải tiết lộ danh tính, nhưng Superman từ chối, và nói rằng ḿnh không phải là 1 công cụ của chính quyền.
Superman bị thiết bị hack của Batman tác động và làm suy yếu. Sup mất kiểm soát và làm sụp đổ ṭa nhà quốc hội, rất may mọi người đă bỏ chạy kịp thời nên chỉ có vài người bị thương, tuy nhiên tướng Swanwick đă tử nạn. Nghị sĩ Cale cáo buộc Superman là thủ phạm, Sup phải bỏ chạy v́ không muốn đối đầu với quân đội. Superman bị tuyên bố là kẻ thù quốc gia. Luthor nhận được tin báo là LexCorp đă sản xuất thành công ra đá Kryptonite.
Clark quay trở về ṭa nhà bị ḿnh phá hủy và t́m ra thiết bị hack của Batman, tin rằng Batman giật dây vụ này và gây ra cái chết của tướng Swanwich. Superman trở về Metropolis để t́m Batman, nhưng Bruce đă thoát kịp thời. Bruce phát hiện việc LexCorp sản xuất thành công được đá Kryptonite qua các tài liệu ăn trộm được, Bruce sau đó đă cướp được 1 ít đá tại 1 căn cứ của LexCorp ở Ấn độ Dương nơi mà World Engine từng hạ xuống.
TRong khi đó, Diana dụ Kniazev vào bẫy. Kniazev thoát được, nhưng Diana đă dùng Roi Chân lư để buộc thuộc hạ của Kniazev khai ra nơi giam giữ các meta-human.
Batman dụ Superman vào 1 ṭa nhà bỏ không thuộc sở hữu của Wayne Enterprises và đối đầu bằng 1 bộ giáp được tăng cường bởi công nghệ Đá Kryptonite. Cuộc chiến diễn ra rất tàn khốc. Do Batman trang bị vũ khí cẩn thận, và dựng sẵn nhiều bẫy ở khu vực này nên suưt chút nữa đă giết được Superman. Tuy nhiên do không đủ nhẫn tâm nên Superman đă nhân cơ hội vùng dậy và chiến thắng. Batman thách Superman giết ḿnh, nhưng Superman từ chối. Sau đó Batman tiết lộ cuộc đối đầu chỉ là để thử ḷng Superman.
Sau khi làm sang tỏ về thiết bị hack, Superman biết Batman hoàn toàn bô tội, và họ cùng hợp tác để truy t́m kẻ đứng sau tất cả. Cùng lúc đó thi Diana đă t́m ra vị trí Cadmus ở ngoại ô Metropolis và quan sát các thí nghiệm được thực hiện trong đó. Diana phát hiện Aquaman, và thứ vũ khí sinh học đang được phát triển là Doomzarro.
Wonder Woman đột nhập vào ṭa nhà và giải cứu Aquaman, nhưng Aquaman bỏ đi và trở về đại dương. Lính của Luthor với vũ khí tối tân xông vào buộc Wonder Woman phải bỏ chạy. Luthor sau đó báo tin cho Cale rằng Cadmus đă bị đột nhập, và họ không c̣n đường lùi nào cả.
Batman dẫn Superman đến Batcave, cả 2 đều tin rằng Luthor là chủ mưu. Diana gia nhập và tiết lộ các bí mật của Luthor ở Cadmus. Superman phẫn nộ v́ Luthor đă vũ khí hóa các công nghệ lấy cắp từ Zod, Superman cảm thấy chính ḿnh là tác nhân chính gây ra mọi chuyện.
Superman giới thiệu Lois cho Bat và Wonder Woman, họ hợp lực để vạch mặt Luthor. Sup, Bat và Wonder Woman tấn công Cadmus để giải cứu những người c̣n lại bị giam giữ, nhưng bị tấn công bởi Doomzarro do Luthor và Cale phái đến. Superman xử lư Doomzarro c̣n Wonder Woman giải cứu tù nhân, Batman thu thập data trong máy chủ của Cadmus sau đó đánh nhau với Kniazev. Trong khi đó, Lois đột nhập tháp Lexcorp bằng thiết bị hack, c̣n Jimmy t́m cách đánh lạc hướng để t́m cách loại bỏ Doomzarro.
Doomzarro tiến về Metropolis, Cale phát hiện ra Luthor đă lập tŕnh để Doomzarro gây ra tối đa sát thương diện rộng nhằm t́m cách hạ nhục danh tiếng Superman. Sup, Bat, Wonder Woman đánh nhau với Doomzarro ở Metropolis. Aquaman sau đó cũng hỗ trợ v́ muốn trả ơn Wonder Woman và để trả thủ Luthor. Nhóm 4 người cố gắng thảm thiểu tối đa thương vong cho dân thường, nhưng Doomzarro luôn áp đảo trong trận chiến. Nhóm 4 người phát hiện ra, Doomzarro không chỉ là 1 sinh vật siêu mạnh mẽ thông thường, Doomzarro c̣n có trí tuệ là 1 chương tŕnh cấp cao do Lexcorp lập tŕnh nên. Doomzarro được điều khiển trực tiếp bởi Lex Luthor bằng cách truyền các dữ liệu về chiến thuật, chiến lược vào bộ năo của Doomzarro qua vệ tinh của LexCorp. Càng đánh, Doomzarro càng biến đổi cơ thể và mạnh thêm và phát triển các khả năng mới.
Mercy phát hiện Lois và cả 2 đánh nhau, nhưng Lois t́m ra được vị trí server máy tính đang chỉ huy Doomzarro, nhờ đó cho phép Alfred tắt server chỉ huy. Cale t́m cách shut down Doomzarro, nhưng Luthor cho Cale biết điều đó là không thể. Khi Cale định t́m cách vạch trần Luthor th́ hắn giết Cale và dựng lên 1 hiện trường tự sát giả.
Do Alfred đă ngắt kết nối server, Doomzarro không c̣n nhận được mệnh lệnh từ Lex Luthor nữa và trở thành 1 con thú điên. Dù bị mất khả năng nhận thức nhưng Doomzarro vẫn cực ḱ nguy hiểm và gây sát thương diện rộng. Victor bị trọng thương khi đang giải cứu người vô tội. Nhóm 4 người cố gắng t́m mọi cách để bảo vệ những người vô tội nhưng Doomzarro quá mạnh. Superman nhận ra ḿnh điều ḿnh phải làm là lôi Doomzarro đi ra ngoài không gian. Superman bay về phía mặt trời, mang theo Doomzarro vẫn đang t́m cách giết ḿnh, họ biến mất trong 1 vụ nổ siêu khủng khiếp.
Superman được cho rằng đă hi sinh, nhưng sau đó đă đi ra từ phía mặt trời và trở về trái đất trong sự hân hoan của mọi người.
Vài ngày sau đó, Superman dối diện quốc hội Mỹ 1 lần nữa và phát biểu đề cao liên minh mới lập của ḿnh. Batman th́ bước ra ngoài ánh sáng. Cảnh sát t́m cách xét hỏi Batman liên quan đến các cáo buộc. Wonder Woman tiếp tục giúp đỡ người nghèo ở các nước kém phát triển, Aquaman tiếp tục đấu tranh v́ môi trường, Victor được đưa về S.T.A.TR phục vụ cho chương tŕnh C.Y.B.O.R.G. Nghị sĩ Cale bị đẩy hết mọi tội lỗi liên quan đến chương tŕnh Doomzarro. Luthor mặc dù đă che đậy được mọi liên quan của ḿnh, nhưng bị vạch mặt liên quan đến vai tṛ tạo ra Doomzarro và các vũ khí dựa trên công nghệ Kryptonite. LexCorp bị mất hợp đồng với quân đội. Superman kết thúc bài phát biểu rằng “b́nh minh mới đang xuất hiện”.
Luthor ngồi nhấm rượu ở văn pḥng th́ Superman xuất hiện. Lex cáo buộc Superman gây ra kết thúc của các thành tựu của con người, Superman nói rằng Lex Luthor đă coi ḿnh đứng trên mọi người khác, và tuyên bố rằng dù Lex có giàu và quyền lực thế nào th́ hắn vẫn không thể nào đánh bại được những người hùng đă bảo vệ Metropolis v́ 1 lư tưởng lớn lao hơn họ: Lư tưởng công lư. Lex thề sẽ hủy diệt Superman. Superman bảo rằng sẽ chờ cho đến lúc Lex làm được điều đó.
Cuối kịch bản th́ Superman, Batman, Wonder Woman và Aquaman gặp nhau ở trang trại nhà bố Clark để bàn luận về Luthor. Superman chỉ ra Luthor sẽ không dừng lại, và sẽ có những người khác giống như hắn. Aquaman xin từ biệt để lo chuyện “quê nhà”, nhưng sẽ hỗ trợ nếu cần thiết, v́ ngưỡng mộ cách superhero. Sau khi Aquaman đi, 3 người c̣n lại quyết định t́m những meta-human khác để hợp lại thành 1 lực lượng bảo vệ trái đất. Batman nói rằng đang nghiên cứu về 1 thông tin liên quan đến “tia chớp đỏ” chuyên trừng trị bọn tội phạm ở Central City.
Superman hỏi phải làm ǵ tiếp theo. Wonder Woman nói “tuyển mộ”.